digital PCR, dPCR, Nanoplate principle
PCR digitale

La nouvelle référence en matière de PCR : la PCR digitale

Découvrir – La PCR digitale (dPCR)

Le pouvoir de la PCR digitale – Trouver une aiguille dans une botte de foin

La PCR digitale (dPCR) est une technique dans laquelle les échantillons sont fractionnés dans plusieurs réactions individuelles, nous obtenons ainsi une ou plusieurs molécules cibles, ou même aucune, dans chaque réaction. Étonnamment, cette approche facilite la détection d’un seul positif parmi de très nombreux négatifs, le problème type de trouver une aiguille dans une botte de foin. C’est pour ce type de cas que la PCR quantitative (qPCR) en temps réel standard n’est pas une solution viable compte tenu de sa limite de détection plus faible.

La principale fonctionnalité de la PCR digitale  est la quantification absolue des acides nucléiques. Après le fractionnement, les réactions sont soumises à un cycle de PCR en point final, ensuite les fractions sont analysées afin de détecter la présence (réaction positive) ou l’absence (réaction négative) d’un signal fluorescent. Sur la base de ces informations, il est possible de calculer le nombre absolu de molécules présentes dans l’échantillon. Contrairement à la qPCR, la dPCR ne se base pas sur des courbes d’étalonnage. Ainsi, la dPCR présente une limite de détection inférieure et une précision supérieure à la qPCR.

Les chercheurs utilisent de plus en plus la PCR digitale pour des applications sensibles, notamment l’analyse de la variation du nombre de copies, la quantification de l’expression génique et la détection des cibles rares. Cette méthode a permis de faire évoluer entre autres la recherche sur la thérapie cellulaire et génique, la recherche sur le cancer, la surveillance des maladies infectieuses et l’analyse des produits alimentaires.

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Avantages par rapport à la PCR digitale en gouttelettes (ddPCR)

En plus des avantages mis en évidence ci-dessus, le  QIAcuity Digital PCR System sur nanoplaques offre des avantages significatifs par rapport aux systèmes de PCR digitale en gouttelettes.

L’ensemble du flux de travail de la PCR digitale est intégré dans un seul système, ce qui le rend nettement plus rapide, avec moins de temps d’intervention et une plus grande évolutivité.

En savoir plus sur la dPCR par rapport à la ddPCR

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Références

Huggett JF et al. (2013). The digital MIQE guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Digital PCR Experiments. Clin Chem. 59(6):892-902.

dMIQE Group, Huggett JF. (2020). The Digital MIQE Guidelines Update: Minimum Information for Publication of Quantitative Digital PCR Experiments for 2020. Clin Chem. 66(8):1012-1029.