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RNeasy FFPE Kit (50)
カタログ番号 / ID. 73504
50 RNeasy MinElute Spin Columns, Collection Tubes, Proteinase K, RNase-Free DNase I, DNase Booster Buffer, RNase-Free Buffers, RNase-Free Water
RNeasy FFPE Kitは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。
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特徴
- ホルマリンによるクロスリンクを切断する新しい手法
- RNA分解がなく効率的にRNAを遊離
- わずか85 分でRNA が得られる能率化されたプロトコール
製品詳細
RNeasy FFPE Kitはホルマリン固定、パラフィン包埋組織切片からのトータルRNA精製用に特別にデザインされています。特別な溶解およびインキュベーション条件によりホルムアルデヒドによるクロスリンクを元に戻します。さらに溶解バッファーは、組織切片からRNAを効率的に遊離し、操作におけるRNA分解もありません。また本キットでは、混入したゲノムDNAコンタミを最適に除去するためにDNaseとDNase Booster Bufferを使用しています。また、わずか14 μl の溶出容量でのトータルRNA 精製が可能なRNeasy MinElute スピンカラムを使用しています。精製はQIAcube上で全自動化できます。
パフォーマンス
RNeasy FFPE Kitを用いることにより、固定および包埋サンプルから精製されるRNA収量は、他の精製法を用いたものよりも高くなります（図" RNA収量の増加"）。70ヌクレオチドより長い全てのRNAが回収され、RNAの分解、ゲノムDNAのコンタミもほとんど認められません（図" 全ての使用可能なRNAの回収"）。本キットで精製したRNA は、リアルタイムRT-PCRなどの様々なアプリケーションで最適な結果を実現します（図" リアルタイムRT-PCR解析における信頼性の高い結果"および" リアルタイムRT-PCR解析の成功"）。
図参照
原理
ホルマリン固定された組織はRNA–RNAおよびRNA–タンパク質間のクロスリンクが生じているため、酵素によるアッセイ系でのRNAの使用において良好な結果が得られません。FFPEサンプルでは、固定および包埋条件も核酸の過度なフラグメント化をもたらします。RNeasy FFPE Kitは、特別な溶解およびインキュベーション条件によりホルムアルデヒドによるクロスリンクを元に戻します。溶解バッファーはFFPE組織サンプルからRNAを効率的に遊離させ、RNA分解を回避します。これらの至適条件により、全ての使用可能なRNAの精製が可能になるため、RNeasy FFPE KitでFFPEサンプルから精製されるRNA収量は、ほかの精製法を用いたものよりも収量よりも大きくなります。
操作手順
RNeasy FFPEの全ての操作手順は、わずか85分で完了します（フローチャート"RNeasy FFPE操作手順"）。proteinase K分解によるサンプル溶解はわずか15分で完了します。溶解後、サンプルを80℃で15分間インキュベートし、ホルマリンによるクロスリンクを元に戻します。次に、DNaseを用いて、小さなDNAフラグメントを含むゲノムDNAを効率的に除去します。最後に、RNeasy MinElute Spin Columnを用いてRNAを14〜30μlで溶出し、高濃度なRNAを精製します。精製工程はQIAcube上で全自動化できます。
図参照
アプリケーション
RNeasy FFPE Kitは、70 ヌクレオチドより長い全てのRNAを分離するので、RT-PCRなどの多数のアプリケーションに有用なRNAフラグメントを回収できます。しかし、FFPEのサンプルから精製されたRNAはフラグメント化が激しく、完全長RNAを必要とするダウンストリームアプリケーションには使用するべきではありません。いくつかのアプリケーションではフラグメント化したRNAを使用できるように変更が必要な場合があります（例：RT-PCRで短い増幅産物にするようにプライマーをデザインする）。cDNA合成にはオリゴ-dTプライマーの代わりにランダムプライマーか遺伝子特異的なプライマーを使用するべきです。
裏付けデータと数値
Reliable results in real-time RT-PCR analysis.
Total RNA was purified from a 10 µm rat lung FFPE sample using the RNeasy FFPE Kit or alternative kits from Supplier EIII, Supplier N, Supplier AIV, and Supplier M. Real-time RT-PCR assays for PGK1 (phosphoglycerate kinase 1) were performed on the Rotor-Gene Q cycler with (+RT) or without (-RT) the reverse transcription step. The high CT value in the -RT sample from the RNeasy FFPE Kit indicates that purified RNA is virtually free of genomic DNA. Therefore the CT value in the +RT sample from the RNeasy FFPE Kit is a reliable measure of RNA expression.
仕様
| 特徴 | 仕様 |
|---|---|
| applications | PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray |
| elutionvolume | 14–30 µl |
| mainsampletype | FFPE tissue samples |
| processing | Manual (centrifugation), automated (QIAcube) |
| format | Spin column |
| purificationoftotalrnamirnapolyamrnadnaorprotein | RNA |
| timeperrunorperprep | 70 minutes |
| sampleamount | 1*5 µm to 4*10µm sections |
| technology | Silica technology |
| yield | Varies |
リソース
パンフレット (5)
MSDS (1)
Application Notes (1)
キットハンドブック (1)
User-Developed Protocols (1)
追加リソース (1)
クイックスタートプロトコール (1)
Certificates of Analysis (1)
出版物
Determinants of RNA quality from FFPE samples.
PLoS One; 2007; 2 (12):e1261 2007 Dec 5 PMID:18060057