therascreen EGFR Pyro Kit

基于测序的方法定量检测EGFR基因中癌症相关的突变

特点

  • 符合欧盟体外诊断98/79/EC指令
  • 实时获得多个结果
  • 准确定量EGFR基因中的突变
  • 简单说明复杂的序列信息

产品详情

therascreen EGFR Pyro Kit是用于鉴定EGFR基因突变和缺失的分子检测试剂盒。该试剂盒包含扩增EGFR基因所需的引物和试剂,以及在PyroMark Q24 System上使用焦磷酸测序技术实时定量检测突变所需的缓冲液、引物和试剂。

绩效

线性

将载有野生型基因的质粒或编码子719 GGC->AGC、编码子790 ACG->ATG和编码子858 CTG->CGG及外显子19缺失2235del15和2236del15的突变质粒混合测量其线性(参见" Linearity of deletion 2235del15")。这些质粒以四种不同的突变质粒比例(5、10、30、50%)混合。每种质粒混合物用三种不同量的therascreen EGFR Pyro Kit使用焦磷酸测序技术进行分析,重复分析三次。

检测5–50%突变范围时,含有5%的容许非线性度的结果是线性的。检测编码子719 GGC->AGC、编码子790 ACG->ATG和编码子858 CTG->CGG及外显子19缺失2235del15和2236del15的突变获得同样的结果。

精密度

精密度用于检测这些试验的总的差异,对如上所述的质粒混合物进行三个不同水平的分析,每个混合物重复测量三次以获得精密度数据。

重复性(批内和批间差)基于线性测定数据计算得出(用不同的therascreen EGFR Pyro Kit在同一天测定三次)。中间精密度(实验室内部差异)由同一实验室三次检测得出,这三次检测分别由不同的操作者用不同的PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪以及不同的therascreen EGFR Pyro Kit在不同的三天进行。重现性(实验室之间的差异)由使用不同的therascreen EGFR Pyro Kit在两个不同的实验室分别进行检测得出。

精密度由检测的突变率标准偏差以%表示。在5~50%的突变测量范围内,外显子19缺失2235del15的突变检测的重复性、中间精密度和重现性分别为0.8–1.2、0.7–2.9和0.7–1.8 %。检测编码子719 GGC->AGC、编码子790 ACG->ATG、编码子858 CTG->CGG和外显子19缺失2236del15的突变获得同样的结果。

外显子19缺失2235del15的突变精密度
%突变质粒 重复性(Mean, SD)     中间精确度(Mean, SD)     重现性(Mean, SD)
5 7.7, 0.8 7.4, 0.7 7.4, 0.7
10 14.7, 1.1 14.5, 1.3 14.4, 1.1
30 41.8, 1.2 40.0, 2.0 41.5, 1.7
50 59.4, 1.0 58.2, 2.9 60.7, 1.8
所有值以%为单位。突变质粒所占百分比(%)通过测量OD260确定。SD:标准偏差(n=9)。
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原理

therascreen EGFR RGQ PCR Kit用于实时定量检测人EGFR基因编码子719、768、790、858和861的突变以及外显子19的缺失和复杂突变,在PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪上使用焦磷酸测序技术检测。EGFR基因可编码表皮生长因子受体(EGFR)蛋白。EGFR基因酪氨酸激酶结构域的突变能够促进肿瘤的生长和增殖。在美国有近10%的非小细胞肺癌患者发现了EGFR基因突变,在东亚该比例达到35%。除此之外,6%的脑瘤患者也发现了EGFR突变。

可检测以下种类的突变:

  • 外显子18 (719):G719A、G719C、G719S
  • 外显子19 (Del):20缺失和复杂突变
  • 外显子20 (768和790):S768I、T790M
  • 外显子21 (858–861):L858R、L861Q、L861R

可手动检测和分析更多突变。

程序

试剂盒由4个PCR分析组成:一个用于检测编码子719(外显子18)的突变,一个用于检测编码子768和790(外显子20)的突变,一个用于检测编码子858到861(外显子21)的突变,还有一个用于检测外显子19的缺失。通过PCR分别扩增4个区域并对特定区域测序(参见" Illustration of the EGFR assay")。含有外显子768和790的扩增子分为2次测序反应。使用该法进行定量和定性分析时,特定区域周围的核酸序列峰被视为标准峰和参照峰。

使用针对外显子18、19、20、21的引物进行PCR扩增后,将扩增子固定在高性能链霉素亲和琼脂糖上。将单链DNA和相应序列的引物退火处理得到DNA。然后在PyroMark Q24 System上设置程序和运行程序对样品进行分析。

推荐使用EGFR Plug-in Report分析结果。报告确保使用正确的LODs并自动分析不同序列,以检测所有的突变和确实。当然,也可选用PyroMark Q24实时定量焦磷酸序列分析仪自带的分析工具来分析。运行后可以通过调节"Sequence to Analyze"来检测外显子19的不同缺失和其他外显子的稀有突变。

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应用

therascreen EGFR Pyro PCR Kit用于实时定量检测人EGFR基因编码子719、768、790、858和861的突变以及外显子19的缺失和复杂突变。此试剂盒用于辅助鉴定酪氨酸激酶抑制治疗法对癌症患者是否有效。

可检测以下种类的突变:

  • 外显子18 (719):G719A、G719C、G719S
  • 外显子19 (Del):20缺失和复杂突变
  • 外显子20 (768和790):S768I、T790M
  • 外显子21 (858–861):L858R、L861Q、L861R

可手动检测和分析更多突变。

辅助数据和图表

资源

Certificates of Analysis (1)